Pentingnya pengawasan mutu telah diisyaratkan oleh Pemerintah sejak tahun 1990 seperti yang tertera dalam PP No. 30 thn 1990 tentang Pendidikan Tinggi pasal 121. Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) merupakan badan internal STIKES MUHAMMADIYAH KUDUS yang berfungsi membangun sistem penjaminan mutu di STIKES MUHAMMADIYAH KUDUS pada setiap aras di STIKES MUHAMMADIYAH KUDUS mulai dari aras program studi hingga unit kerja di lingkungan Pusat Administrasi STIKES MUHAMMADIYAH KUDUS.
    Namun setelah dilakukan kajian yang mendalam mengenai penjaminan mutu dan audit mutu akademik, serta kewajiban mengemban tugas yang lebih luas, maka disepakati untuk mengubah nama Pusat Penjaminan Mutu menjadi Lembaga Penjaminan Mutu sejak tahun 2015.
    Dalam rangka meningkatkan kinerja layanan penjaminan mutu, LPM telah menerapkan Quality Management System.